Naxos, fondata dai Calcidesi nel 734 a.C., risultò essere la prima colonia greca di Sicilia probabilmente per un motivo essenzialmente nautico, infatti, spinte dalla corrente marina, le navi raggiungevano le nostre coste quasi senza alcun intervento del timoniere. Il nome assegnato alla città ci fa capire che tra i compagni di Teocle vi erano persone provenienti dall'isola greca di Naxos ed è per questo motivo che il 29 ottobre 2000, a più di 2000 anni di distanza è stato celebrato un gemellaggio con l'isola delle Cicladi per sancire un collegamento ideale e affettivo fra le due realtà.

Nel 403 a.C. fu distrutta dal tiranno di Siracusa Dionisio, che voleva estendere la sua egemonia su tutta l'isola, progetto ostacolato dall'alleanza che Naxos aveva con Atene.

La crescita economica di Giardini Naxos cominciò a manifestarsi intorno al 1870, dopo che fu aperto il traffico ferroviario "Messina-Catania".

Poi, la storia di Giardini, ormai rinomata Giardini Naxos, sarà sempre più strettamente legata - soprattutto a partire dagli anni Cinquanta-Settanta - alla sua vocazione turistica ed al suo straordinario sviluppo da piccolo borgo marinaro a grande capitale del turismo siciliano.